เที่ยวบินในประเทศ สายการบินนกแอร์ มีฐานการบินหลักอยู่ที่สนามบินดอนเมือง โดยเที่ยวบินหลักของสายการบิน คือ 
กรุงเทพฯ –เชียงใหม่, กรุงเทพฯ–เชียงราย, กรุงเทพฯ–ภูเก็ต,กรุงเทพฯ–หาดใหญ่, กรุงเทพฯ–สุราษฎร์ธานี, เชียงใหม่–หาดใหญ่ 
ในปี พ.ศ. 2556 นกแอร์ได้เพิ่มเที่ยวบินใหม่ คือ 
กรุงเทพฯ-เชียงใหม่ และกรุงเทพฯ-หาดใหญ่ 
และเพื่ออำนวยความสะดวกในการเดินทางไปยังแหล่งท่องเที่ยวต่างๆ ที่เครื่องบินไม่สามารถเข้าถึงได้ นกแอร์ได้จัดการให้บริการเที่ยวบินต่อรถปรับอากาศและเรือ ไปยังสถานที่ท่องเที่ยวต่างๆ ที่สำคัญ ได้แก่ 
ภูเก็ต–เกาะพีพี, สุราษฎร์ธานี–เกาะสมุย, สุราษฎร์ธานี–เกาะพะงัน, ชุมพร-เกาะนางยวน, ชุมพร-เกาะเต่า, นครศรีธรรมราช–เกาะสมุย และตรัง–เกาะลันตา

เที่ยวบินต่างประเทศ สายการบินนกแอร์ได้เพิ่มเส้นทางระหว่างประเทศเพื่ออำนวยความสะดวกในการเดินทางด้วยบริการเที่ยวบิน-รถปรับอากาศ คือ เที่ยวบินไปจังหวัดที่ติดชายแดนแล้วต่อด้วยรถปรับอากาศเพื่อไปประเทศต่างๆ เส้นทางการบินที่สำคัญ ได้แก่ 
– เที่ยวบินกรุงเทพฯ – อุดรธานี-รถปรับอากาศไปเวียงจันทน์ ประเทศลาว – เที่ยวบินกรุงเทพฯ – หาดใหญ่-รถปรับอากาศไปปีนัง ประเทศมาเลเซีย – เที่ยวบินแม่สอด-มะละแหม่ง ประเทศพม่า มีเที่ยวบินทุกวัน – แม่สอด-ย่างกุ้ง ประเทศพม่า มีเที่ยวบินทุกวัน

สายการบินนกแอร์อนุญาตให้ผู้โดยสารสามารถ นำกระเป๋าและสัมภาระขึ้นเครื่องได้ โดยต้องมีน้ำหนักไม่เกิน 7กก.ต่อผู้โดยสาร 1 คน และต้องมีความยาวรวมของด้านกว้าง ยาว และลึกไม่เกิน 56 x 36 x 23 cm. สายการบินนกแอร์มีข้อกำหนดในการนำสัมภาระโหลดใต้เครื่องได้ไม่เกินน้ำหนักสูงสุดดังนี้ 
ประเภทที่นั่ง ลูกค้าทั่วไป นกแฟนคลับ นกแฟนคลับพลัส 
โปรโมชั่น 15 กก. 20 กก. 25 กก. 
นกประหยัด 15 กก. 20 กก. 25 กก. 
นกเปลี่ยนได้ 20 กก. 25 กก. 30 กก. 
หมายเหตุ – หากน้ำหนักสัมภาระเกิน สายการบินคิดกก.ละ 200 บาทที่เคาน์เตอร์สนามบิน 
– ซื้อน้ำหนักเพิ่มได้ในระหว่างจองตั๋วเครื่องบินผ่านเว็บไซต์ และหลังจองตั๋วเครื่องบิน และเคาน์เตอร์สนามบิน

• เช็คอินผ่านเคาน์เตอร์ของสายการบิน : สายการบินนกแอร์เปิดให้บริการ 2ชม.ก่อนเที่ยวบินออกและปิดบริการ 30 นาทีก่อนเที่ยวบินออก
• เช็คอินทางโทรศัพท์ : วิธีนี้ เหมาะสำหรับผู้โดยสารที่ไม่มีสัมภาระที่ต้องโหลดใต้เครื่อง โดยโทรไปที่หมายเลข 1318 แล้วกด 4 ได้ทุกวันเวลา 4.00-20.00 น. ทั้งนี้ สามารถทำการเช็คอินได้ภายใน 2 ชม.ถึง 45 นาทีก่อนเครื่องบินออกเดินทาง
• เช็คอินผ่านทางเว็บไซต์ : หลังจากจองตั๋วนกแอร์เสร็จสมบูรณ์แล้ว 30 นาที ก็สามารถเช็คอินได้ใน 24 ชม.ถึง 1 ชม.ก่อนเที่ยวบินออก โดยผู้โดยสารต้องพิมพ์ Boarding Pass เองและนำติดตัวไปที่สนามบินด้วย
• เช็คอินผ่านแอพพลิเคชั่นบนโทรศัพท์มือถือ : เช็คอินทำได้ 24 ชม.ถึง 30 นาทีก่อนกำหนดเที่ยวบินออก
• เช็คแอนด์ช็อป :เฉพาะ ที่สนามบินเชียงใหม่ ผู้โดยสารเช็คอินได้ที่ศูนย์การค้าเซ็นทรัล ที่อยู่ติดกับสนามบิน สามารถเช็คอินได้ที่ร้าน Nok Air Check & Shop ชั้น G ของศูนย์การค้า

หมายเหตุ : ผู้โดยสารต้องนำบัตรประชาชนและมีหมายเลขยืนยันการจองตั๋วเครื่องบินติดตัวไม่ว่าจะเช็คอินในรูปแบบใด